طراحی نشانه این بنیاد بر اساس یک فراخوان عمومی انجام شد که در متن آن آمده بود:
” بنياد ميبدی يک موسسه فرهنگي مردم‌نهاد است. نشانه بايد مُبيّن فرهنگ اصيل ايراني و عناصر فرهنگ بومي ميبد باشد و نقش بنياد را در اعتلای آموزش و دانش بيان کند.”
این لوگو از نوع مونوگرام است و به صورت پیشنهادی برای این بنیاد طراحی شده است. این طرح برگرفته از نقوش هندسی نارین قلعه‌ (مهم‌ترین بنای تاریخی شهر میبد) بوده که به حروف اول «بنیاد میبدی» یعنی ب و میم تبدیل شده است.